Κύριος στόχος του Eco-Bio-H₂-FCs είναι η ανάπτυξη, ο σχεδιασμός και η επίδειξη σε πιλοτική κλίμακα μιας καινοτόμου, αυτοτελούς και αυτοματοποιημένης διεργασίας για την παραγωγή καθαρού Η₂ ή/και ηλεκτρικής ισχύος από βιοαέριο. Δυο επιμέρους συστήματα θα λειτουργούν αρμονικά, είτε αυτοτελώς είτε συνεργατικά, επιμερίζοντας το αποτέλεσμα (παραγωγή Η₂ ή ηλεκτρικής ισχύος) ανάλογα με τις τρέχουσες επιχειρηματικές αξιώσεις και ανάγκες του χρήστη. Πρόσφατα καινοτόμα ερευνητικά αποτελέσματα και τεχνογνωσία (σε υλικά και σχεδιασμούς) των ομάδων που συμμετέχουν στο έργο, βελτιστοποιημένα έτι περαιτέρω με ώριμες και ορθολογικές, από την εμπειρία που αναπτύχθηκε, καινοτόμες τροποποιήσεις και λεπτομερείς πειραματικές μελέτες, θα αξιοποιηθούν συνθετικά στο πλαίσιο του Eco-Bio-H₂-FCs, για την ανάπτυξη το σχεδιασμό και την κατασκευή μιας άρτιας, αυτοματοποιημένης και λειτουργικά βελτιστοποιημένης πιλοτικής μονάδας αξιοποίησης του βιοαερίου.